Геноміка

Геноміка — це наука, розділ генетики, що досліджує повний набір генів в організмі (геном), включаючи їх організацію, функції та взаємодію.

Схематична каріограма людини. Дає огляд геному людини з пронумерованими парами хромосом, його основними змінами протягом клітинного циклу (угорі по центру) і мітохондріальним геномом у масштабі (внизу ліворуч).

Історія

Клітина — Клітинне ядро — Хромосома — ДНК — Ген

Основи геноміки можна простежити до відкриття ДНК як спадкового матеріалу Освальдом Евері в 1944 році та визначення структури подвійної спіралі ДНК Джеймсом Вотсоном і Френсісом Кріком у 1953 році.

Перший метод секвенування ДНК, розроблений Алланом Максамом і Волтером Гілбертом, і метод обриву ланцюга, розроблений Фредеріком Сенгером, — з’явились в 1977 році. Ці методи зробили секвенування цілих геномів можливим.

Перший повний секвенований геном був геном віруса бактеріофага φX174 у 1977. Перший бактеріальний геном, Haemophilus influenzae, був секвенований у 1995. Ці проекти продемонстрували, що секвенування повного геному можливе.

Проект геному людини: цей міжнародний дослідницький проект, розпочатий в 1990 році та завершений в 2003 році, мав на меті скласти карту всього геному людини. Проект значно розкрив наше розуміння геному людини та стимулював розвиток нових технологій.

Розвиток технологій секвенування наступного покоління в середині 2000-х років здійснив революцію в геноміці, різко збільшивши пропускну здатність і знизивши вартість.

З постійним розвитком технологій секвенування та інструментів біоінформатики геноміка стала однією з центральних дисциплін в біологічних і медичних дослідженнях, зокрема в генетичній інженерії та персоналізованій медицині.

Принципи

Геном в структурі мультиоміки (спрощено, схематично)

Геноміка — це дисципліна, яка керується кількома основними принципами, багато з яких відображають ширші принципи генетики, але застосовуються в масштабі всього геному.

Структура та організація геному

Геном кожного організму структурований і організований певним чином. Наприклад, в еукаріотів геноми організовані в хромосоми, які складаються з ДНК, щільно намотаної навколо білків гістонів. Ця організація впливає на експресію та функцію генів.

Генетичні варіації

Геноми не статичні; вони можуть відрізнятися між особинами одного виду внаслідок мутації, генетичної рекомбінації та інших еволюційних процесів. Ця генетична варіація може впливати на риси організму і є основним предметом вивчення геноміки.

Функціональна геноміка

Не всі ділянки геному кодують білки. Функціональні ділянки геному включають кодуючі ділянки (гени), регуляторні ділянки та некодуючі послідовності ДНК. Геноміка прагне зрозуміти функцію цих областей у контексті всього геному.

Динаміка та еволюція геному

Геноми змінюються з часом, і ці зміни можна простежити в історії еволюції. Геноміка може дати розуміння цих еволюційних процесів і того, як вони сформували геноми сучасних організмів.

Системна біологія

Геноміка діє в ширшому контексті системної біології, яка розглядає взаємодію між усіма частинами біологічної системи. Геномні дані можна використовувати для розуміння цих взаємодій і нових властивостей, які з них виникають.

Аналіз даних і біоінформатика

Величезний обсяг даних, отриманих завдяки геномним дослідженням, потребує складного аналізу даних і методів біоінформатики. Ці методи використовуються для секвенування геномів, анотування генів, аналізу експресії генів та виконання інших обчислювальних завдань.

Технології та методики

Апарат для секвенування Illumina

Апарат для секвенування Pacific Biosciences

Секвенсор Oxford Nanopore Technologies Mk1c

Розвиток геноміки значно сприяв розвитку технологій і методів, які зробили можливим секвенувати, аналізувати та маніпулювати геномами у великому масштабі.

Секвенування ДНК

Було розроблено декілька методів визначення порядку нуклеотидів у послідовності ДНК. Секвенування Сангера було одним із найперших методів, що використовувалися, і все ще використовується сьогодні для невеликих проектів. Однак технології секвенування наступного покоління (NGS), такі як секвенування Illumina, піросеквенування та секвенування Ion Torrent, значною мірою витіснили секвенування Сангера для великомасштабних проектів завдяки їх високій пропускній здатності. Технології секвенування третього покоління, такі як секвенування Oxford Nanopore та SMRT секвенування Pacific Biosciences, пропонують секвенування в реальному часі та можливість секвенування довгих зчитувань.

Геномна анотація та біоінформатика

Після секвенування генома його необхідно анотувати, щоб ідентифікувати гени та інші функціональні елементи. Це досягається за допомогою інструментів біоінформатики, які використовують обчислювальні алгоритми для прогнозування розташування та функцій генів. Крім того, біоінформатика є невід’ємною частиною управління та аналізу великих наборів даних, створених геномними дослідженнями.

Технології редагування генома

Такі методи редагування генома, як CRISPR-Cas9, TALEN і ZFN, використовуються для внесення специфічних змін у геном живих клітин. Ці інструменти зробили революцію в геноміці, дозволивши дослідникам досліджувати функцію конкретних генів і створювати модельні організми з певними генетичними модифікаціями.

Методи аналізу експресії генів

Ці методи використовуються для вимірювання рівнів експресії генів у геномі. Мікрочипи були однією з перших високопродуктивних технік, розроблених для цієї мети. Зовсім недавно секвенування РНК (RNA-Seq) стало методом вибору завдяки своїй здатності вимірювати експресію генів з високою чутливістю та точністю, а також ідентифікувати нові транскрипти.

Застосування

Галузь геноміки має широке застосування в різних секторах, сприяючи прогресу в охороні здоров’я, наукових дослідженнях, сільському господарстві та екології.

Охорона здоров'я

• Геномна медицина: геноміка зробила революцію в охороні здоров’я, уможлививши персоналізовану медицину. Геномні дані можуть допомогти передбачити сприйнятливість людини до певних захворювань, скласти плани лікування та полегшити стратегії профілактики захворювань. (Див. також Медична генетика)
  • Фармакогеноміка: це дослідження того, як гени впливають на реакцію людини на певні ліки. Розуміючи індивідуальні генетичні варіації, постачальники медичних послуг можуть призначати персоналізовані — більш ефективні та безпечні дози ліків.
  • Геноміка раку: геномні технології забезпечили глибоке розуміння генетичної основи раку. Розуміння геномних змін, які викликають рак, може керувати діагностикою, прогнозом і лікуванням.
  • Нутрігеноміка: це дослідження впливу харчових продуктів і харчових компонентів на експресію генів. Ця сфера зосереджена на виявленні та розумінні взаємодії на молекулярному рівні між поживними речовинами та іншими дієтичними біоактивними речовинами з геномом. Розуміння цих взаємодій може призвести до персоналізованих дієтичних рекомендацій і харчових втручань на основі персональних цілей щодо експерсії тих чи інших генів. (Див. також Нутрігенетика)

Наукові дослідження

Хронологія проекту геному людини

• Модельні організми: геноміка дозволяє вивчати модельні організми, щоб зрозуміти біологічні процеси, які також можуть відбуватися в організмі людини.
• Проект геному людини: цей монументальний проект, завершений у 2003 році, секвенував весь геном людини та проклав шлях до численних наукових досягнень у розумінні біології та хвороб людини.

Сільське господарство

• Покращення сільськогосподарських культур: Геномні інструменти використовуються для підвищення врожайності сільськогосподарських культур, їх харчової цінності та стійкості до шкідників і хвороб, допомагаючи задовольнити потреби зростаючого населення світу в продуктах харчування.
• Розведення худоби: геноміка допомагає в розведенні тварин, дозволяючи відбирати тварин із бажаними ознаками, таким чином підвищуючи продуктивність і стійкість до хвороб.

Екологія

Екологічна метагеноміка (Environmental Shotgun Sequencing (ESS)). (A) Відбір зразків із середовища існування; (B) фільтрація частинок, як правило, за розміром; (C) екстракція та лізис ДНК; (D) клонування та бібліотека; (E) секвенування клонів; (F) послідовне складання.

• Метагеноміка: це дослідження генетичного матеріалу, отриманого безпосередньо із зразків навколишнього середовища чи мікробіомів організмів. Це дозволяє дослідникам вивчати спільноти організмів у їхньому природному середовищі.
• Екологічна геноміка: геноміка може допомогти зрозуміти, як організми взаємодіють із навколишнім середовищем, надаючи розуміння кліматичних змін, забруднення та інших екологічних проблем.

Перспективні технології

У міру того як галузь геноміки продовжує розвиватися, кілька нових технологій обіцяють подальшу революцію в нашому розумінні геному.

Одноклітинна геноміка

Одноклітинна геноміка дозволяє аналізувати геномний вміст окремих клітин. Ця технологія дає змогу зрозуміти генетичну та епігенетичну гетерогенність у тканинах і може виявити унікальну клітинну поведінку, яку можна усереднити під час масового аналізу.

Геномні інструменти на основі CRISPR

Розробка систем CRISPR-Cas революціонізувала нашу здатність редагувати геноми. Крім того, адаптація цих систем дозволяє здійснювати цілеспрямовані модифікації та маніпуляції з епігеномом (див. також Епігеноміка), транскриптомом і навіть протеомом, таким чином розширюючи інструментарій, доступний геномним дослідникам.

Штучний інтелект та машинне навчання

Застосування методів штучного інтелекту та машинного навчання до геномних даних може допомогти виявити закономірності та зробити прогнози, які людям було б неможливо помітити. Ці інструменти можуть допомогти в інтерпретації складних геномних даних і прискорити відкриття.

Просторова геноміка

Технології просторової геноміки поєднують геномну інформацію з просторовою інформацією про те, де в тканині чи клітині відбувається геномна активність. Ці методи дозволяють вивчати просторову організацію геномів у їхніх рідних контекстах, надаючи більш повне уявлення про геномну функцію.

Мультиоміка

Мультиоміка — це комплексне дослідження та аналіз даних багатьох омік (геноміка, епігеноміка, транcкриптоміка, протеоміка, метаболоміка, інтерактоміка та інші). Такий підхід дозволяє вийти за рамки редукціонстського підходу та побачити цілісну картину процесів, що відбуваються в клітині.

Див. також

• Геном
• Генетика
• Епігеноміка
• Мультиоміка
• Системна біологія
• Медична генетика
• Персоналізована медицина

Додаткова література

Книги

• Серія книг Population Genomics (Springer, 2019-2023+)
• Серія книг Compendium of Plant Genomes (Springer, 2014-2023+)
• Roy Sanjiban Sekhar; Taguchi Yoshihiro, ред. (2022). Handbook of machine learning applications for genomics. Studies in Big Data. Singapore: Springer. ISBN 978-981-16-9157-7.
• Dutheil Julien Y., ред. (2020). Statistical Population Genomics. Methods in Molecular Biology (англ.) 2090. New York, NY: Springer US. ISBN 978-1-0716-0198-3.
• Anisimova Maria, ред. (2019). Evolutionary Genomics: Statistical and Computational Methods. Methods in Molecular Biology (англ.) 1910. New York, NY: Springer New York. ISBN 978-1-4939-9073-3.
• Геном. Автобіографія виду у 23 главах / М. Рідлі; [пер. з англ. О. Реви, З. Лобач]. — Київ: КМ-БУКС, 2018. — 408 с. — ISBN 617-7489-67-1.
• Генетика людини: навчальний посібник для студентів вищих навчальних закладів. Сиволоб А. В., Рушковський С. Р. — Київ : «Академія», 2014. 325 с.
• А. В. Сиволоб (2008). . К: Видавничо-поліграфічний центр "Київський університет". с. 368-370. Архів оригіналу за 4 березня 2016. Процитовано 27 березня 2016. 
• Setubal João Carlos; Stoye Jens; Stadler Peter F. (2018). Comparative genomics: methods and protocols. Methods in molecular biology. New York, NY: Humana Press. ISBN 978-1-4939-7461-0.
• Kaufmann Michael; Klinger Claudia; Savelsbergh Andreas (2017). Functional genomics: methods and protocols. Methods in molecular biology (3rd edition). New York, NY: Humana Press. ISBN 978-1-4939-7230-2.

Журнали

• BMC Genomics (BioMed Central, Springer)
• Genomics (Elsevier)
• Pharmacogenetics and Genomics
• Molecular Genetics and Genomics (Springer)
• Annual Review of Genomics and Human Genetics (Annual Reviews)
• Physiological Genomics
• Pharmacogenomics
• Pharmacogenomics Journal (Nature Publishing Group, Springer)
• Functional and Integrative Genomics (Springer)
• Briefings in Functional Genomics (Oxford University Press)
• Current Genomics (Bentham Science Publishers)
• BMC Medical Genomics (BioMed Central, Springer)
• Journal of Genetics and Genomics
• Genomics, Proteomics and Bioinformatics
• Human Genomics (BioMed Central, Springer)
• Public Health Genomics
• Microbial Genomics
• Marine Genomics (Elsevier)
• Pharmacogenomics and Personalized Medicine
• Lifestyle Genomics

Примітки

1. Culver, Kenneth W.; Mark A. Labow (2002-11-08). «Genomics». У Richard Robinson (ed.). Genetics. Macmillan Science Library. Macmillan Reference USA. ISBN 0028656067. https://archive.org/details/genetics0000unse. 
2. Alberts, Bruce, ред. (2002). Molecular biology of the cell. Hauptbd. (вид. 4. ed). New York: Garland. ISBN 978-0-8153-3218-3. 
3. Avery, Oswald T.; MacLeod, Colin M.; McCarty, Maclyn (1 лютого 1944). STUDIES ON THE CHEMICAL NATURE OF THE SUBSTANCE INDUCING TRANSFORMATION OF PNEUMOCOCCAL TYPES. Journal of Experimental Medicine 79 (2). с. 137–158. ISSN 1540-9538. doi:10.1084/jem.79.2.137. Процитовано 11 червня 2023. 
4. Watson, J. D.; Crick, F. H. C. (1953-04). Molecular Structure of Nucleic Acids: A Structure for Deoxyribose Nucleic Acid. Nature (англ.) 171 (4356). с. 737–738. ISSN 1476-4687. doi:10.1038/171737a0. Процитовано 11 червня 2023. 
5. Maxam, A M; Gilbert, W (1977-02). A new method for sequencing DNA.. Proceedings of the National Academy of Sciences 74 (2). с. 560–564. ISSN 0027-8424. doi:10.1073/pnas.74.2.560. Процитовано 11 червня 2023. 
6. Sanger, F.; Nicklen, S.; Coulson, A. R. (1977-12). DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. Proceedings of the National Academy of Sciences 74 (12). с. 5463–5467. ISSN 0027-8424. doi:10.1073/pnas.74.12.5463. Процитовано 11 червня 2023. 
7. Sanger, F.; Air, G. M.; Barrell, B. G.; Brown, N. L.; Coulson, A. R.; Fiddes, J. C.; Hutchison, C. A.; Slocombe, P. M. та ін. (1977-02). Nucleotide sequence of bacteriophage φX174 DNA. Nature 265 (5596). с. 687–695. ISSN 0028-0836. doi:10.1038/265687a0. Процитовано 11 червня 2023.  рекомендується |displayauthors= (довідка)
8. Fleischmann, Robert D.; Adams, Mark D.; White, Owen; Clayton, Rebecca A.; Kirkness, Ewen F.; Kerlavage, Anthony R.; Bult, Carol J.; Tomb, Jean-Francois та ін. (28 липня 1995). Whole-Genome Random Sequencing and Assembly of Haemophilus influenzae Rd. Science 269 (5223). с. 496–512. ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.7542800. Процитовано 11 червня 2023.  рекомендується |displayauthors= (довідка)
9. Finishing the euchromatic sequence of the human genome. Nature 431 (7011). 2004-10. с. 931–945. ISSN 0028-0836. doi:10.1038/nature03001. Процитовано 11 червня 2023. 
10. Mardis, Elaine R. (1 вересня 2008). Next-Generation DNA Sequencing Methods. Annual Review of Genomics and Human Genetics 9 (1). с. 387–402. ISSN 1527-8204. doi:10.1146/annurev.genom.9.081307.164359. Процитовано 11 червня 2023. 
11. Пішак В.П. та ін. (2004). Медична біологія. Вінниця: Нова Книга. ISBN 966-7890-35-X. 
12. The origins of genome architecture. Choice Reviews Online 45 (02). 1 жовтня 2007. с. 45–0862–45–0862. ISSN 0009-4978. doi:10.5860/choice.45-0862. Процитовано 11 червня 2023. 
13. Kitano, Hiroaki (2002-03). Systems Biology: A Brief Overview. Science (англ.) 295 (5560). с. 1662–1664. ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.1069492. Процитовано 11 червня 2023. 
14. Auffray, Charles; Imbeaud, Sandrine; Roux-Rouquié, Magali; Hood, Leroy (1 жовтня 2003). From functional genomics to systems biology: concepts and practices. Comptes Rendus Biologies (англ.) 326 (10). с. 879–892. ISSN 1631-0691. doi:10.1016/j.crvi.2003.09.033. Процитовано 11 червня 2023. 
15. Hassan, Mubashir; Awan, Faryal Mehwish; Naz, Anam; deAndrés-Galiana, Enrique J.; Alvarez, Oscar; Cernea, Ana; Fernández-Brillet, Lucas; Fernández-Martínez, Juan Luis та ін. (2022-01). Innovations in Genomics and Big Data Analytics for Personalized Medicine and Health Care: A Review. International Journal of Molecular Sciences (англ.) 23 (9). с. 4645. ISSN 1422-0067. PMC PMC9104788. PMID 35563034. doi:10.3390/ijms23094645. Процитовано 11 червня 2023.  рекомендується |displayauthors= (довідка)
16. Sanger, F.; Nicklen, S.; Coulson, A. R. (1977-12). DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. Proceedings of the National Academy of Sciences 74 (12). с. 5463–5467. ISSN 0027-8424. doi:10.1073/pnas.74.12.5463. Процитовано 11 червня 2023. 
17. Wang, Xinkun (22 травня 2023). Next-Generation Sequencing (NGS) Technologies. Next-Generation Sequencing Data Analysis. New York: CRC Press. с. 57–79. ISBN 978-0-429-32918-0. 
18. Rhoads, Anthony; Au, Kin Fai (2015-10). PacBio Sequencing and Its Applications. Genomics, Proteomics & Bioinformatics 13 (5). с. 278–289. ISSN 1672-0229. doi:10.1016/j.gpb.2015.08.002. Процитовано 11 червня 2023. 
19. Yandell, Mark; Ence, Daniel (18 квітня 2012). A beginner's guide to eukaryotic genome annotation. Nature Reviews Genetics 13 (5). с. 329–342. ISSN 1471-0056. doi:10.1038/nrg3174. Процитовано 11 червня 2023. 
20. Functional Genomics. Bioinformatics and Functional Genomics. Hoboken, NJ, USA: John Wiley & Sons, Inc. с. 460–514. 
21. Дженніфер Даудна; Charpentier, Emmanuelle (28 листопада 2014). The new frontier of genome engineering with CRISPR-Cas9. Science 346 (6213). ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.1258096. Процитовано 11 червня 2023. 
22. van der Oost, John; Patinios, Constantinos (2023-03). The genome editing revolution. Trends in Biotechnology (англ.) 41 (3). с. 396–409. doi:10.1016/j.tibtech.2022.12.022. Процитовано 11 червня 2023. 
23. Schena, Mark; Shalon, Dari; Davis, Ronald W.; Brown, Patrick O. (20 жовтня 1995). Quantitative Monitoring of Gene Expression Patterns with a Complementary DNA Microarray. Science 270 (5235). с. 467–470. ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.270.5235.467. Процитовано 11 червня 2023. 
24. Lehrach, Hans (9 серпня 2013). Faculty Opinions recommendation of RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics.. Faculty Opinions – Post-Publication Peer Review of the Biomedical Literature. Процитовано 11 червня 2023. 
25. Manolio, Teri A.; Chisholm, Rex L.; Ozenberger, Brad; Roden, Dan M.; Williams, Marc S.; Wilson, Richard; Bick, David; Bottinger, Erwin P. та ін. (2013-04). Implementing genomic medicine in the clinic: the future is here. Genetics in Medicine 15 (4). с. 258–267. ISSN 1098-3600. PMC PMC3835144. PMID 23306799. doi:10.1038/gim.2012.157. Процитовано 11 червня 2023.  рекомендується |displayauthors= (довідка)
26. Khoury, Muin J.; Holt, Kathryn E. (2021-12). The impact of genomics on precision public health: beyond the pandemic. Genome Medicine (англ.) 13 (1). ISSN 1756-994X. PMC PMC8063188. PMID 33892793. doi:10.1186/s13073-021-00886-y. Процитовано 11 червня 2023. 
27. Manolio, Teri A.; Bult, Carol J.; Chisholm, Rex L.; Deverka, Patricia A.; Ginsburg, Geoffrey S.; Goldrich, Madison; Jarvik, Gail P.; Mensah, George A. та ін. (2021-12). Genomic medicine year in review: 2021. The American Journal of Human Genetics 108 (12). с. 2210–2214. ISSN 0002-9297. PMC PMC8715274. PMID 34861172. doi:10.1016/j.ajhg.2021.11.006. Процитовано 11 червня 2023.  рекомендується |displayauthors= (довідка)
28. Weinshilboum, Richard; Wang, Liewei (2004-09). Pharmacogenomics: bench to bedside. Nature Reviews Drug Discovery (англ.) 3 (9). с. 739–748. ISSN 1474-1784. doi:10.1038/nrd1497. Процитовано 11 червня 2023. 
29. Zhou, Yitian; Lauschke, Volker M. (2022-06). Population pharmacogenomics: an update on ethnogeographic differences and opportunities for precision public health. Human Genetics (англ.) 141 (6). с. 1113–1136. ISSN 0340-6717. PMC PMC9177500. PMID 34652573. doi:10.1007/s00439-021-02385-x. Процитовано 11 червня 2023. 
30. Abdullah-Koolmees, Heshu; van Keulen, Antonius M.; Nijenhuis, Marga; Deneer, Vera H. M. (2021). Pharmacogenetics Guidelines: Overview and Comparison of the DPWG, CPIC, CPNDS, and RNPGx Guidelines. Frontiers in Pharmacology 11. ISSN 1663-9812. PMC PMC7868558. PMID 33568995. doi:10.3389/fphar.2020.595219. Процитовано 11 червня 2023. 
31. White, Cassandra; Scott, Rodney; Paul, Christine L; Ackland, Stephen P (21 листопада 2022). Pharmacogenomics in the era of personalised medicine. Medical Journal of Australia (англ.) 217 (10). с. 510–513. ISSN 0025-729X. PMC PMC9827847. PMID 36259142. doi:10.5694/mja2.51759. Процитовано 11 червня 2023. 
32. Garraway, Levi A.; Lander, Eric S. (2013-03). Lessons from the Cancer Genome. Cell 153 (1). с. 17–37. ISSN 0092-8674. doi:10.1016/j.cell.2013.03.002. Процитовано 11 червня 2023. 
33. Aaltonen, Lauri A.; Abascal, Federico; Abeshouse, Adam; Aburatani, Hiroyuki; Adams, David J.; Agrawal, Nishant; Ahn, Keun Soo; Ahn, Sung-Min та ін. (2020-02). Pan-cancer analysis of whole genomes. Nature (англ.) 578 (7793). с. 82–93. ISSN 1476-4687. doi:10.1038/s41586-020-1969-6. Процитовано 11 червня 2023.  рекомендується |displayauthors= (довідка)
34. Ferguson, Lynnette R. (1 березня 2006). Nutrigenomics. Molecular Diagnosis & Therapy (англ.) 10 (2). с. 101–108. ISSN 1179-2000. doi:10.1007/BF03256449. Процитовано 11 червня 2023. 
35. Mishra, Udit Nandan; Jena, Diptimayee; Sahu, Chandrasekhar; Devi, Rajni; Kumar, Ravinder; Jena, Rupak; Irondi, Emmanuel Anyachukwu; Rout, Sandeep та ін. (2022-12). Nutrigenomics: An inimitable interaction amid genomics, nutrition and health. Innovative Food Science & Emerging Technologies 82. с. 103196. ISSN 1466-8564. doi:10.1016/j.ifset.2022.103196. Процитовано 11 червня 2023.  рекомендується |displayauthors= (довідка)
36. Jabeen, Asma; Malik, Geetika; Mir, Javid Iqbal; Rasool, Rozy (26 січня 2023). Nutrigenomics: linking food to genome. Italian Journal of Food Science (англ.) 35 (1). с. 26–40. ISSN 1120-1770. doi:10.15586/ijfs.v35i1.2262. Процитовано 11 червня 2023. 
37. Irion, Uwe; Nüsslein-Volhard, Christiane (26 липня 2022). Developmental genetics with model organisms. Proceedings of the National Academy of Sciences (англ.) 119 (30). ISSN 0027-8424. PMC PMC9335277. PMID 35858396. doi:10.1073/pnas.2122148119. Процитовано 11 червня 2023. 
38. Varshney, Rajeev K; Chen, Wenbin; Li, Yupeng; Bharti, Arvind K; Saxena, Rachit K; Schlueter, Jessica A; Donoghue, Mark T A; Azam, Sarwar та ін. (6 листопада 2011). Draft genome sequence of pigeonpea (Cajanus cajan), an orphan legume crop of resource-poor farmers. Nature Biotechnology 30 (1). с. 83–89. ISSN 1087-0156. doi:10.1038/nbt.2022. Процитовано 11 червня 2023.  рекомендується |displayauthors= (довідка)
39. Food and Agriculture Organization of the United Nations (2022). Gene editing and agrifood systems. ООН. 
40. Zaidi, Syed Shan-e-Ali; Mahas, Ahmed; Vanderschuren, Hervé; Mahfouz, Magdy M. (30 листопада 2020). Engineering crops of the future: CRISPR approaches to develop climate-resilient and disease-resistant plants. Genome Biology 21 (1). с. 289. ISSN 1474-760X. PMC PMC7702697. PMID 33256828. doi:10.1186/s13059-020-02204-y. Процитовано 9 квітня 2023. 
41. Abdul Aziz, Mughair; Brini, Faical; Rouached, Hatem; Masmoudi, Khaled (2022). Genetically engineered crops for sustainably enhanced food production systems. Frontiers in Plant Science 13. ISSN 1664-462X. PMC PMC9680014. PMID 36426158. doi:10.3389/fpls.2022.1027828. Процитовано 9 квітня 2023. 
42. Hamdan, Mohd Fadhli; Mohd Noor, Siti Nurfadhlina; Abd-Aziz, Nazrin; Pua, Teen-Lee; Tan, Boon Chin (2022-01). Green Revolution to Gene Revolution: Technological Advances in Agriculture to Feed the World. Plants (англ.) 11 (10). с. 1297. ISSN 2223-7747. PMC PMC9146367. PMID 35631721. doi:10.3390/plants11101297. Процитовано 9 квітня 2023. 
43. Wan, Lili; Wang, Zhuanrong; Tang, Mi; Hong, Dengfeng; Sun, Yuhong; Ren, Jian; Zhang, Na; Zeng, Hongxia (2021-07). CRISPR-Cas9 Gene Editing for Fruit and Vegetable Crops: Strategies and Prospects. Horticulturae (англ.) 7 (7). с. 193. ISSN 2311-7524. doi:10.3390/horticulturae7070193. Процитовано 9 квітня 2023. 
44. Andersson, Leif; Georges, Michel (2004-03). Domestic-animal genomics: deciphering the genetics of complex traits. Nature Reviews Genetics 5 (3). с. 202–212. ISSN 1471-0056. doi:10.1038/nrg1294. Процитовано 11 червня 2023. 
45. Port, Jesse A.; O'Donnell, James L.; Romero‐Maraccini, Ofelia C.; Leary, Paul R.; Litvin, Steven Y.; Nickols, Kerry J.; Yamahara, Kevan M.; Kelly, Ryan P. (24 грудня 2015). Assessing vertebrate biodiversity in a kelp forest ecosystem using environmental <scp>DNA</scp>. Molecular Ecology 25 (2). с. 527–541. ISSN 0962-1083. doi:10.1111/mec.13481. Процитовано 11 червня 2023. 
46. Linnarsson, Sten; Teichmann, Sarah A. (2016-12). Single-cell genomics: coming of age. Genome Biology (англ.) 17 (1). ISSN 1474-760X. PMC PMC4862185. PMID 27160975. doi:10.1186/s13059-016-0960-x. Процитовано 11 червня 2023. 
47. Paolillo, Carmela; Londin, Eric; Fortina, Paolo (1 серпня 2019). Single-Cell Genomics. Clinical Chemistry 65 (8). с. 972–985. ISSN 0009-9147. doi:10.1373/clinchem.2017.283895. Процитовано 11 червня 2023. 
48. Cuperus, Josh T (4 лютого 2022). Single-cell genomics in plants: current state, future directions, and hurdles to overcome. Plant Physiology (англ.) 188 (2). с. 749–755. ISSN 0032-0889. PMC PMC8825463. PMID 34662424. doi:10.1093/plphys/kiab478. Процитовано 11 червня 2023. 
49. Sreenivasan, Varun K A; Balachandran, Saranya; Spielmann, Malte (5 липня 2022). The role of single-cell genomics in human genetics. Journal of Medical Genetics 59 (9). с. 827–839. ISSN 0022-2593. doi:10.1136/jmedgenet-2022-108588. Процитовано 11 червня 2023. 
50. Cuomo, Anna S. E.; Nathan, Aparna; Raychaudhuri, Soumya; MacArthur, Daniel G.; Powell, Joseph E. (2023-08). Single-cell genomics meets human genetics. Nature Reviews Genetics (англ.) 24 (8). с. 535–549. ISSN 1471-0064. doi:10.1038/s41576-023-00599-5. Процитовано 6 серпня 2023. 
51. Pulecio, Julian; Verma, Nipun; Mejía-Ramírez, Eva; Huangfu, Danwei; Raya, Angel (2017-10). CRISPR/Cas9-Based Engineering of the Epigenome. Cell Stem Cell 21 (4). с. 431–447. ISSN 1934-5909. PMC PMC6205890. PMID 28985525. doi:10.1016/j.stem.2017.09.006. Процитовано 11 червня 2023. 
52. Elliott, Esther K.; Haupt, Larisa M.; Griffiths, Lyn R. (1 квітня 2021). Mini review: genome and transcriptome editing using CRISPR-cas systems for haematological malignancy gene therapy. Transgenic Research (англ.) 30 (2). с. 129–141. ISSN 1573-9368. doi:10.1007/s11248-020-00232-9. Процитовано 11 червня 2023. 
53. Dolgalev, Georgii; Poverennaya, Ekaterina (2021-11). Applications of CRISPR-Cas Technologies to Proteomics. Genes (англ.) 12 (11). с. 1790. ISSN 2073-4425. PMC PMC8625504. PMID 34828396. doi:10.3390/genes12111790. Процитовано 11 червня 2023. 
54. Vadapalli, Sreya; Abdelhalim, Habiba; Zeeshan, Saman; Ahmed, Zeeshan (21 травня 2022). Artificial intelligence and machine learning approaches using gene expression and variant data for personalized medicine. Briefings in Bioinformatics 23 (5). ISSN 1467-5463. PMC PMC10233311. PMID 35595537. doi:10.1093/bib/bbac191. Процитовано 11 червня 2023. 
55. van Dijk, Aalt D. J.; Shiu, Shin-Han; de Ridder, Dick (2022). Editorial: Artificial Intelligence and Machine Learning Applications in Plant Genomics and Genetics. Frontiers in Artificial Intelligence 5. ISSN 2624-8212. PMC PMC9271996. PMID 35832206. doi:10.3389/frai.2022.959470. Процитовано 11 червня 2023. 
56. Salmén, Fredrik; Ståhl, Patrik L.; Mollbrink, Annelie; Navarro, José Fernández; Vickovic, Sanja; Frisén, Jonas; Lundeberg, Joakim (23 жовтня 2018). Barcoded solid-phase RNA capture for Spatial Transcriptomics profiling in mammalian tissue sections. Nature Protocols 13 (11). с. 2501–2534. ISSN 1754-2189. doi:10.1038/s41596-018-0045-2. Процитовано 11 червня 2023. 
57. Lomakin, Artem; Svedlund, Jessica; Strell, Carina; Gataric, Milana; Shmatko, Artem; Rukhovich, Gleb; Park, Jun Sung; Ju, Young Seok та ін. (2022-11). Spatial genomics maps the structure, nature and evolution of cancer clones. Nature (англ.) 611 (7936). с. 594–602. ISSN 1476-4687. doi:10.1038/s41586-022-05425-2. Процитовано 11 червня 2023.  рекомендується |displayauthors= (довідка)
58. Vandereyken, Katy; Sifrim, Alejandro; Thienpont, Bernard; Voet, Thierry (2 березня 2023). Methods and applications for single-cell and spatial multi-omics. Nature Reviews Genetics (англ.). с. 1–22. ISSN 1471-0064. doi:10.1038/s41576-023-00580-2. Процитовано 11 червня 2023.