Протеоміка

Протеоміка (англ. proteomics, протеомікс) — наука про протеом, що вивчає протеїни (білки) в цілому та їх структуру і функції зокрема. Протеїни є однією з важливих складових живих організмів, оскільки вони є головними складовими фізіологічних шляхів метаболізму клітини.

Протеом, ідентифікований при застосування гелевого електрофорезу в 2D гелі

Історія

Термін протеоміка (англ. proteomics) був вперше застосований в 1997 по анології з геномікою (англ. genomics), наукою, що вивчає гени. Слово протеом (англ. proteome) походить від «протеїн» та «геном», та було запропоновано генетиком Marc Wilkins в 1994 році, під час його роботи над протеїнами та геномом, яку він виконував як PhD-студент (докторант). Інтегративне й комплексне дослідження всіх омік називається мультиоміка.

Загальна характеристика

Після геноміки і транскриптомікі, протеоміка — наступний крок у вивченні біологічних систем. Основне завдання протеоміки полягає в ідентифікації нових білків і їх кількісному аналізі. Протеом — це сукупність всіх протеїнів та їх модифікацій, що складають протеїновий набір, утворений в результаті діяльності певної біологічної системи. Протеом біологічних систем варіює в часі та під впливом різноманітних факторів, наприклад, стресу, впливу якого може зазнавати як окремі клітини так і весь організм. Протеоміка — це міждисциплінарна наука, що виникла як результат науково-дослідного пошуку в рамках Проекту Геному Людини (англ. Human Genome Project). Крім того, протеоміка — це галузь наукових досліджень протеому, що стрімко розвивається, та важливий компонент функціональної геноміки.

Незважаючи на те, що протеоміка часто асоціюється з маштабним експериментальним аналізом протеїнів, ця галузь також застосовується для очищення протеїнів та мас-спектрометрії.

Див. також

• Мультиоміка
• Оміки

Додаткова література

Книги

• Srivastava Sanjeeva (2023). From Proteins to Proteomics. Boca Raton: CRC Press. ISBN 978-1-003-09864-5.
• Ali Shafat; Majid Sabhiya; Rehman Muneeb U. (2023). Proteomics: A Promising Approach for Cancer Research. Elsevier. ISBN 978-0-323-95072-5.
• Donev Rossen; Karabencheva-Christova Tatyana (2021). Proteomics and systems biology. Advances in protein chemistry and structural biology (1st edition). Academic Press. ISBN 978-0-323-85319-4.
• Comai Lucio; Katz Jonathan E.; Mallick Parag (2017). Proteomics: methods and protocols. Methods in molecular biology. New York, NY: Humana Press. ISBN 978-1-4939-6745-2.

Журнали

• Molecular and Cellular Proteomics (Elsevier)
• Proteomics (Wiley-Blackwell)
• Journal of Proteome Research (American Chemical Society)
• Proteome Science (BioMed Central)
• Proteomes (MDPI)
• Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics (Elsevier)
• Journal of Proteomics (Elsevier)
• Expert Review of Proteomics (Taylor & Francis)
• Genomics, Proteomics and Bioinformatics
• Cancer Genomics and Proteomics
• Proteomics - Clinical Applications (Wiley-Blackwell)
• Clinical Proteomics (BioMed Central, Springer)

Статті

• Cui Miao; Cheng Chao; Zhang Lanjing (2022-11). High-throughput proteomics: a methodological mini-review. Laboratory Investigation (англ.) 102 (11). doi:10.1038/s41374-022-00830-7.
• Dupree Emmalyn J.; Jayathirtha Madhuri; Yorkey Hannah; Mihasan та ін. (2020-09). A Critical Review of Bottom-Up Proteomics: The Good, the Bad, and the Future of This Field. Proteomes (англ.) 8 (3). doi:10.3390/proteomes8030014.
• Specht Harrison; Slavov Nikolai (3 серпня 2018). Transformative Opportunities for Single-Cell Proteomics. Journal of Proteome Research (англ.) 17 (8). doi:10.1021/acs.jproteome.8b00257.

Примітки

1. Anderson NL, Anderson NG (1998). Proteome and proteomics: new technologies, new concepts, and new words. Electrophoresis 19 (11): 1853–61. PMID 9740045. doi:10.1002/elps.1150191103. 
2. Blackstock WP, Weir MP (1999). Proteomics: quantitative and physical mapping of cellular proteins. Trends Biotechnol. 17 (3): 121–7. PMID 10189717. doi:10.1016/S0167-7799(98)01245-1. 
3. P. James (1997). Protein identification in the post-genome era: the rapid rise of proteomics.. Quarterly reviews of biophysics 30 (4): 279–331. PMID 9634650. doi:10.1017/S0033583597003399. 
4. Marc R. Wilkins, Christian Pasquali, Ron D. Appel, Keli Ou, Olivier Golaz, Jean-Charles Sanchez, Jun X. Yan, Andrew. A. Gooley, Graham Hughes, Ian Humphery-Smith, Keith L. Williams & Denis F. Hochstrasser (1996). From Proteins to Proteomes: Large Scale Protein Identification by Two-Dimensional Electrophoresis and Arnino Acid Analysis. Nature Biotechnology 14 (1): 61–65. PMID 9636313. doi:10.1038/nbt0196-61. 
5. . Архів оригіналу за 12 лютого 2009. Процитовано 23 грудня 2012.