www.wikidata.uk-ua.nina.az

Вміст GC У генетиці вміст гуаніну і цитозину часто скорочується як вміст ГЦ або вміст GC іноді навіть як GC характеристи

Вміст GC

У генетиці, вміст гуаніну і цитозину (часто скорочується як «вміст ГЦ» або «вміст GC», іноді навіть як GC%) — характеристика геному будь-якого даного організма або будь-якого іншого шматка ДНК або РНК.

Хімічна структура ДНК, що показує як пари AT, так і пари GC

Визначення вмісту GC Редагувати

Зазвичай цей вміст виражається як відсоток, пропорція GC-пар основ в послідовності ДНК (РНК) молекули або генома, що розглядається. Тут G (або Г) означає гуанін, а C (або Ц) означає цитозин. Решта молекули ДНК складається з основ A (аденін) і T (тимін), таким чином, що в сумі вмісти всіх цих нуклеотидів дають 100%, (наприклад 58% вмісту GC = 42% вмісту AT). Пари GC в ДНК з'єднані трьома водневими зв'язками замість двох у парах AT. Це робить пару GC міцнішою і стійкішою до денатурації при високих температурах, і тому вміст GC може бути більшим у термофілів.

Застосування Редагувати

Вміст GC іноді використовується, щоб класифікувати організм (у таксономії). Наприклад, Actinobacteria характеризується як «бактерія з високим вмістом GC». У Streptomyces coelicolor він становить 72%. Вміст CG дріжджів (Saccharomyces cerevisiae) становить 38%, а в іншого стандартного модельного організму, резуховидки Таля (Arabidopsis thaliana) він становить 36%. Унаслідок природи генетичного коду, фактично неможливо для організму мати геном з вмістом GC близьким до 0%, або 100%. Видом з надзвичайно низьким вмістом GC є Plasmodium falciparum (GC% = ~20%). Такі організми звичайно називаються багатими на AT, а не бідними на GC, і навпаки.

В межах довгого регіону послідовності генома, гени часто характеризуються іншим вмістом GC ніж решта геному. Зокрема, екзони звичайно багаті на GC, тоді як інтрони звичайно багаті на AT. Детальніші дослідження виявили певний розподіл багатих і бідних на GC районів ДНК, хоча функція і значення такої варіації неясна.

У PCR-експериментах, температура плавлення праймерів залежить від вмісту у них GC, більш високий вміст GC означає більш високу температуру плавлення.

Методи визначення Редагувати

Вміст GC може бути виміряний декількома методами, але один з найпростіших методів — вимірювання температури плавлення ДНК за допомогою спектрофотометра. На довжині хвилі 260 нм поглинання гостро збільшується, коли дволанцюгова ДНК розпадається на окремі ланцюжки при підвищенні температури. Альтернативно, якщо молекула ДНК або РНК секвенується у процесі дослідження, вміст GC може бути точно обчислений простою арифметикою.

Примітки Редагувати

  1. Pozzoli U, Menozzi G, Fumagalli M, et al (2008). . BMC Evol. Biol. 8: 99. PMC 2292697. PMID 18371205. doi:10.1186/1471-2148-8-99. Архів оригіналу за 8 листопада 2012. Процитовано 22 листопада 2012. 
Вікіпедія, Українська, Україна, книга, книги, бібліотека, стаття, читати, завантажити, безкоштовно, безкоштовно завантажити, mp3, відео, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, малюнок, музика, пісня, фільм, книга, гра, ігри
Дата публікації:
U genetici vmist guaninu i citozinu chasto skorochuyetsya yak vmist GC abo vmist GC inodi navit yak GC harakteristika genomu bud yakogo danogo organizma abo bud yakogo inshogo shmatka DNK abo RNK Himichna struktura DNK sho pokazuye yak pari AT tak i pari GC Zmist 1 Viznachennya vmistu GC 2 Zastosuvannya 3 Metodi viznachennya 4 PrimitkiViznachennya vmistu GC RedaguvatiZazvichaj cej vmist virazhayetsya yak vidsotok proporciya GC par osnov v poslidovnosti DNK RNK molekuli abo genoma sho rozglyadayetsya Tut G abo G oznachaye guanin a C abo C oznachaye citozin Reshta molekuli DNK skladayetsya z osnov A adenin i T timin takim chinom sho v sumi vmisti vsih cih nukleotidiv dayut 100 napriklad 58 vmistu GC 42 vmistu AT Pari GC v DNK z yednani troma vodnevimi zv yazkami zamist dvoh u parah AT Ce robit paru GC micnishoyu i stijkishoyu do denaturaciyi pri visokih temperaturah i tomu vmist GC mozhe buti bilshim u termofiliv Zastosuvannya RedaguvatiVmist GC inodi vikoristovuyetsya shob klasifikuvati organizm u taksonomiyi Napriklad Actinobacteria harakterizuyetsya yak bakteriya z visokim vmistom GC U Streptomyces coelicolor vin stanovit 72 Vmist CG drizhdzhiv Saccharomyces cerevisiae stanovit 38 a v inshogo standartnogo modelnogo organizmu rezuhovidki Talya Arabidopsis thaliana vin stanovit 36 Unaslidok prirodi genetichnogo kodu faktichno nemozhlivo dlya organizmu mati genom z vmistom GC blizkim do 0 abo 100 Vidom z nadzvichajno nizkim vmistom GC ye Plasmodium falciparum GC 20 Taki organizmi zvichajno nazivayutsya bagatimi na AT a ne bidnimi na GC i navpaki V mezhah dovgogo regionu poslidovnosti genoma geni chasto harakterizuyutsya inshim vmistom GC nizh reshta genomu Zokrema ekzoni zvichajno bagati na GC todi yak introni zvichajno bagati na AT Detalnishi doslidzhennya viyavili pevnij rozpodil bagatih i bidnih na GC rajoniv DNK hocha funkciya i znachennya takoyi variaciyi neyasna 1 U PCR eksperimentah temperatura plavlennya prajmeriv zalezhit vid vmistu u nih GC bilsh visokij vmist GC oznachaye bilsh visoku temperaturu plavlennya Metodi viznachennya RedaguvatiVmist GC mozhe buti vimiryanij dekilkoma metodami ale odin z najprostishih metodiv vimiryuvannya temperaturi plavlennya DNK za dopomogoyu spektrofotometra Na dovzhini hvili 260 nm poglinannya gostro zbilshuyetsya koli dvolancyugova DNK rozpadayetsya na okremi lancyuzhki pri pidvishenni temperaturi Alternativno yaksho molekula DNK abo RNK sekvenuyetsya u procesi doslidzhennya vmist GC mozhe buti tochno obchislenij prostoyu arifmetikoyu Primitki Redaguvati Pozzoli U Menozzi G Fumagalli M et al 2008 Both selective and neutral processes drive GC content evolution in the human genome BMC Evol Biol 8 99 PMC 2292697 PMID 18371205 doi 10 1186 1471 2148 8 99 Arhiv originalu za 8 listopada 2012 Procitovano 22 listopada 2012 Otrimano z https uk wikipedia org w index php title Vmist GC amp oldid 36049084