UniProt — це база даних, що містить інформацію про послідовності протеїнів та дані щодо їхніх функцій, отримані з проєктів секвенсингу геномів. База даних містить також великий масив даних про біологічні функції протеїнів з журнальних статей, що містять оригінальні дослідження.
| | |
| Тип | База даних протеїнів |
|---|---|
| Автор | Європейський інститут біоінформатикиd |
| Доступні мови | Англійська |
| Стан розробки | активний |
| Ліцензія | Creative Commons Attribution-NoDerivs |
| Вебсайт | www.uniprot.org |
Консорціум UniProt Редагувати
Консорціум UniProt утворюють Європейський Інститут Біоінформатики (ЕВІ), Швейцарський Інститут Біоіформатики (SIB) та Ресурс Інформації про Протеїни (PIR). EBI містить різноманітні сервіси та бази даних, що розташовані в Wellcome Trust Genome Campus в м. Гінкстоні, Велика Британія. SIB розташований в м. Женеві (Швейцарія) та підтримує функціонування серверів з ExPASy (Expert Protein Analysis System) — центральним ресурсом баз даних протеоміки. PIR розташований на базі Національної біомедичної науково-дослідної фундації (National Biomedical Research Foundation (NBRF) в Джорджтаунському університетському медичному центрі в м. Вашингтон (США) та забезпечує підтримку найдавнішої бази даних послідовностей протеїнів — Атлас протеїнових послідовностей та структури імені Margaret Oakley Dayhoff, що був вперше опублікований в 1965 році. EBI, SIB та PIR приєдналися до UniProt консорціуму в 2002 році.
Підтримка баз даних UniProt Редагувати
Кожен член консорціуму робить значний внесок в технічну підтримку та оновлення в ту чи іншу частину бази даних UniProt. Зокрема, EBI та SIB розробляли бази даних Swiss-Prot та TrEMBL, а PIR займався Базою даних послідовностей протеїнів (Protein Sequence Database (PIR-PSD).
Організація UniProt Редагувати
До складу UniProt входять основні чотири бази даних: UniProtKB (з підбазами Swiss-Prot та TrEMBL), UniParc, UniRef, and UniMes.
Фінансування UniProt Редагувати
UniProt фінансується з грантів Національного інституту дослідження геному (National Human Genome Research Institute), Національного інституту охорони здоров'я США, Національного інституту здоров'я (National Institutes of Health або скорочено NIH), Європейської комісії, Федерального уряду Швейцарії через федеральний офіс освіти та науки, NCI-caBIG (The cancer Biomedical Informatics Grid), та Департаменту оборони.
Посилання Редагувати
- — Коледж Сіммонса, 2008. — 350 с.
- Dayhoff, Margaret O. (1965). Atlas of protein sequence and structure. Silver Spring, Md: National Biomedical Research Foundation.
- . genome.gov (англ.). NHGRI. 23 жовтня 2002. Архів оригіналу за 24 вересня 2015. Процитовано 10 березня 2014.
- O'Donovan, Claire; Martin, Maria Jesus; Gattiker, Alexandre; Gasteiger, Elisabeth; Bairoch, Amos; Apweiler, Rolf (2002-09). . Briefings in Bioinformatics 3 (3). с. 275–284. ISSN 1467-5463. PMID 12230036. doi:10.1093/bib/3.3.275. Архів оригіналу за 14 серпня 2019. Процитовано 20 квітня 2020.
- Wu, Cathy H.; Yeh, Lai-Su L.; Huang, Hongzhan; Arminski, Leslie; Castro-Alvear, Jorge; Chen, Yongxing; Hu, Zhangzhi; Kourtesis, Panagiotis та ін. (1 січня 2003). . Nucleic Acids Research 31 (1). с. 345–347. ISSN 1362-4962. PMC PMC165487. PMID 12520019. doi:10.1093/nar/gkg040. Архів оригіналу за 12 серпня 2019. Процитовано 20 квітня 2020.
- Boeckmann, Brigitte; Bairoch, Amos; Apweiler, Rolf; Blatter, Marie-Claude; Estreicher, Anne; Gasteiger, Elisabeth; Martin, Maria J.; Michoud, Karine та ін. (1 січня 2003). . Nucleic Acids Research 31 (1). с. 365–370. ISSN 1362-4962. PMC PMC165542. PMID 12520024. doi:10.1093/nar/gkg095. Архів оригіналу за 14 серпня 2019. Процитовано 20 квітня 2020.