SMILES англ Simplified Molecular Input Line Entry Specification специфікація спрощеного представлення молекул в рядку вв

SMILES (англ. Simplified Molecular Input Line Entry Specification) — специфікація спрощеного представлення молекул в рядку введення — система правил (специфікація) однозначного опису складу та структури молекули хімічної речовини з використанням рядка символів ASCII у рядковому типі.

Генерація номера SMILES:
Спочатку кодуються розірвані кільця, потім описується відгалуження від основної структури.

Рядок символів, складений за правилами SMILES, може бути перетворений багатьма молекулярними редакторами у двовимірну або тривимірну структурну формулу молекули.

Початковий варіант специфікації SMILES був розроблений Артуром (Arthur Weininger) і Девідом (David Weininger) Вайнінґерами наприкінці 1980-х. Надалі стандарт був модифікований і розширений; найактивнішу участь у цій роботі взяла компанія Daylight Chemical Information Systems, Inc.

У 2007 році прийнято відкритий стандарт OpenSMILES розроблений Blue Obelisk.

Приклади Редагувати

SMILES запис	Структурна формула	Назва
`C`	CH₄	Метан
`CC`	CH₃-CH₃	Етан
`CCC`	CH₃-CH₂-CH₃	Пропан
`Clc(c(Cl)c(Cl)c1C(=O)O)c(Cl)c1Cl`	C₇HCl₅O₂	Пентахлорбензойна кислота

Принципи побудови SMILES Редагувати

Атоми Редагувати

Атоми позначаються символами хімічних елементів у квадратних дужках, наприклад, золото позначається як [Au]. Для елементів- складових органічних молекул (B, C, N, O, P, S, F, Cl, Br, I) дужки можуть бути опущені. У цьому випадку атоми водню можна не вказувати в явному вигляді, якщо їх кількість відповідає найменшій нормальній валентності відповідно до явно заданих зв'язків. Атоми в складі ароматичних циклів зазвичай записуються малими літерами замість великих. При необхідності вказати формальний заряд частинки атоми водню і символ заряду записуються в явному вигляді. Ізотопи записуються в квадратних дужках із зазначенням атомної ваги перед символом атома, наприклад, ізотоп ¹³C буде записаний як [13C].

Наприклад, запис SMILES для води буде виглядати як O, для етанолу — CCO. Аніон гідроксилу записується [OH-], а іон заліза (II) як [Fe+2].

Зв'язки Редагувати

Зв'язок	Символ	опція
Простий зв'язок	`-`	так
Подвійний зв'язок	`=`	ні
Потрійний зв'язок	`#`	ні
Чотирьохкратний зв'язок*	`$`	ні
Ароматичні зв'язки	`:`	так

* Лише OpenSMILES

Розгалуження Редагувати

Бічні ланцюги молекули поміщають в круглі дужки. Наприклад, пропіонова кислота записується як CCC(= O)O. Канонічна форма запису трифторметану виглядає як C(F)(F)F, однак такий запис незручний для читання внаслідок своєї перевантаженості дужками, тому ту ж молекулу можна записати в неканонічній формі як FC(F)F.

Структурна формула	SMILES-String	Назва
	`CC(=O)O`	Оцтова кислота
	`CC(C)(C)O`	трет-Бутанол
	`C(C(CO[N+](=O)[O-])O[N+](=O)[O-])O[N+](=O)[O-]`	Тринітрат гліцерину

Циклічні структури Редагувати

Атоми, що знаходяться на кінцях розірваного при побудові кістяка набору зв'язків, позначаються одним і тим же номером. Наприклад, циклогексан записується як C1CCCCC1, а бензол — як c1ccccc1.

Структурна формула	SMILES-String	Назва
	`c1ccccc1`	Бензол
	`Cc1c([N+]([O-])=O)cc([N+]([O-])=O)cc1[N+]([O-])=O`	Тринітротолуол
	`C1=CC=C2C=CC=CC2=C1`	Нафталін

Примітки Редагувати

David Weininger, SMILES, a chemical language and information system. J. Chem. Inf. Comput. Sci.1988, 28, ст 31.
. Архів оригіналу за 13 липня 2010. Процитовано 25 липня 2010.
. Архів оригіналу за 13 липня 2010. Процитовано 25 липня 2010.

Це незавершена стаття з хімії.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

[1] David Weininger, SMILES, a chemical language and information system. J. Chem. Inf. Comput. Sci.1988, 28, ст 31.

[2] . Архів оригіналу за 13 липня 2010. Процитовано 25 липня 2010.

[3] . Архів оригіналу за 13 липня 2010. Процитовано 25 липня 2010.