www.wikidata.uk-ua.nina.az

ChEMBL або db це ручна курирувана база хімічних молекул з біоактивними властивостями 1 Вона підтримується Європейським І

ChEMBL

ChEMBL або ChEMBLdb — це ручна курирувана база хімічних молекул з біоактивними  властивостями. Вона підтримується Європейським Інститутом Біоінформатики[en] (EBI), Європейською Лабораторією Молекулярної Біології[en] (EMBL), розташовується у Wellcome Trust Genome Campus[en], Хінкстон, Велика Британія.

База даних спочатку була відомою як StARlite, була розробленою біотехнологічною компанією під назвою Inpharmatica Ltd. пізніше була придбана компанією Galapagos NV[en]. Дані було придбано для EMBL у 2008 році завдяки премії від «Веллком Траст», внаслідок чого була створена група ChEMBL хемогломерів в EMBL-EBI під керівництвом Джона Олінгтона.

Сфера застосування та доступ ред.

База даних ChEMBL містить дані біологічної активності речовин по відношенню до лікарських цілей. Біоактивності повідомляються у даних Ki, Kd, IC50 і EC50. Дані можуть бути відфільтровані і проаналізовані для розробки бібліотек речовин для скрінінгу, щоб провести ідентифікацію під час відкриття лікарських препаратів.

У січні 2010 року запустили другу версію бази даних ChEMBL (ChEMBL_02), яка також включала 2,4 мільйони вимірювань біотестувань, які охоплюють 622824 сполук, в тому числі 24 тисячі природних продуктів. Ця інформація була отримана від аналізу понад 34000 публікацій із понад дванадцяти жірналів лікарської хімії. Охоплення ChEMBL доступними даними біологічних активностей стає «найповнішою із коли-небудь бачених публічних баз даних». У жовтні 2010 року була запущена  восьма версія баз даних ChEMBL (ChEMBL_08), яка містила 2,97 мільйони вимірювань біотестувань, які охоплюють 636,269 сполук.

У ChEMBL_10 було додано підтверджуючі аналізи PubChem, для того, щоб інтегрувати дані, порівнюючи з типом і класом даних, що містяться в даних ChEMBL.

Доступ до ChEMBLdb можна отримати через вебінтерфейс або завантажити по FTP. Він відформатований таким чином, щоб піддатися комп'ютеризованій обробці даних, і намагається стандартизувати роботу між різними виданнями, щоб виконати порівняльний аналіз. До бази даних ChEMBL також інтегровані інші масштабні хімічні ресурси, у тому числі PubChem, і система ChemSpider від Королівського хімічного товариства.

Споріднені ресурси ред.

На додаток до бази даних, група ChEMBL розробили також інструменти та ресурси для пошуку даних. Це також включає Кіназа SARfari, інтегрований хемогенетичний робочий інструмент спеціалізований на кіназах. Система включає і поєднує послідовність, структуру, речовини та відбір даних.

GPCR SARfari подібний робочий інструмент спеціалізований на рецепторах gpcr, і ChEMBL-NTD (бази даних ChEMBL-Neglected Tropical Diseases — Забуті тропічні хвороби) — це відкритий репозитарій первинного скринінгу та даних медичної хімії, орієнтованих на ендемічні тропічні хвороби в регіонах Африки, Азії, Північної та Південної Америки. Основна мета даних ChEMBL-NTD є надання вільного доступу і постійний архів та центр розповсюдження даних, які зберігаються.

У липні 2012 року відбулася презентація нової служби даних з малярії, завдяки спонсорській допомозі від проекту Medicines for Malaria Venture (ММВ [ 3 жовтня 2020 у Wayback Machine.]), призначена для дослідників по всьому світу. Дані цієї служби включають речовини з набору Malaria Box, а також інших пожертвуваних даних по малярії, які містяться в базі даних ChEMBL-NTD.

myChEMBL [ 10 червня 2015 у Wayback Machine.] — це віртуальна машина бази даних ChEMBL, цей ресурс було представлено у жовтні 2013 року, щоб надати користувачам доступ до повної та безкоштовної, простої в установці інфраструктури хемоінформатики.

В грудні 2013 року, операції бази патентної інформатики SureChem були передані EMBL-EBI. Пакет даних SureChem були перейменовані на SureChEMBL.

У 2014 було введено новий ресурсу  — інструмент для прогнозування та порівняння міжвидових цілей ADME.

Див. також ред.

Посилання ред.

  1. ↑ Gaulton, A (2011). ChEMBL: a large-scale bioactivity database for drug discovery. Nucleic Acids Research 40: D1100–7. PMC 3245175. PMID 21948594. doi:10.1093/nar/gkr777. 
  2. ↑ Bender, A (2010). . Nature Chemical Biology 6: 309. doi:10.1038/nchembio.354. Архів оригіналу за 30 червня 2011. Процитовано 15 листопада 2010. 
  3. Overington J (April 2009). ChEMBL. An interview with John Overington, team leader, chemogenomics at the European Bioinformatics Institute Outstation of the European Molecular Biology Laboratory (EMBL-EBI). Interview by Wendy A. Warr. J. Comput.-Aided Mol. Des. 23 (4): 195–8. Bibcode:2009JCAMD..23..195W. PMID 19194660. doi:10.1007/s10822-009-9260-9. 
  4. Mok, N. Yi; Brenk, Ruth (Oct 24, 2011). Mining the ChEMBL Database: An Efficient Chemoinformatics Workflow for Assembling an Ion Channel-Focused Screening Library. J. Chem. Inf. Model. 51 (10): 2449–2454. doi:10.1021/ci200260t. 
  5. Brenk, R; Schinpani, A; James, D; Krasowski, A (Mar 2008). Lessons learnt from assembling screening libraries for drug discovery for neglected diseases. ChemMedChem 3 (3): 435–44. doi:10.1002/cmdc.200700139. 
  6. ChEMBL-og (15 листопада 2010). . Архів оригіналу за 8 липня 2011. Процитовано 15 листопада 2010. 
  7. ChEMBL-og (6 June 2011). . Архів оригіналу за 13 серпня 2011. Процитовано 9 червня 2011. 
  8. Bellis, L J (2011). . Biochemical Society Transactions 39: 1365–1370. PMID 21936816. doi:10.1042/BST0391365. Архів оригіналу за 18 жовтня 2019. Процитовано 24 вересня 2011. 
  9. Davies, M. ADME SARfari: Comparative Genomics of Drug Metabolising Systems.. Bioinformatics. doi:10.1093/bioinformatics/btv010. Процитовано 8 січня 2015. 
Вікіпедія, Українська, Україна, книга, книги, бібліотека, стаття, читати, завантажити, безкоштовно, безкоштовно завантажити, mp3, відео, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, малюнок, музика, пісня, фільм, книга, гра, ігри
Дата публікації:
ChEMBL abo ChEMBLdb ce ruchna kuriruvana baza himichnih molekul z bioaktivnimi vlastivostyami 1 Vona pidtrimuyetsya Yevropejskim Institutom Bioinformatiki en EBI Yevropejskoyu Laboratoriyeyu Molekulyarnoyi Biologiyi en EMBL roztashovuyetsya u Wellcome Trust Genome Campus en Hinkston Velika Britaniya Baza danih spochatku bula vidomoyu yak StARlite bula rozroblenoyu biotehnologichnoyu kompaniyeyu pid nazvoyu Inpharmatica Ltd piznishe bula pridbana kompaniyeyu Galapagos NV en Dani bulo pridbano dlya EMBL u 2008 roci zavdyaki premiyi vid Vellkom Trast vnaslidok chogo bula stvorena grupa ChEMBL hemoglomeriv v EMBL EBI pid kerivnictvom Dzhona Olingtona 2 3 Zmist 1 Sfera zastosuvannya ta dostup 2 Sporidneni resursi 3 Div takozh 4 PosilannyaSfera zastosuvannya ta dostup red Baza danih ChEMBL mistit dani biologichnoyi aktivnosti rechovin po vidnoshennyu do likarskih cilej Bioaktivnosti povidomlyayutsya u danih Ki Kd IC50 i EC50 4 Dani mozhut buti vidfiltrovani i proanalizovani dlya rozrobki bibliotek rechovin dlya skriningu shob provesti identifikaciyu pid chas vidkrittya likarskih preparativ 5 U sichni 2010 roku zapustili drugu versiyu bazi danih ChEMBL ChEMBL 02 yaka takozh vklyuchala 2 4 miljoni vimiryuvan biotestuvan yaki ohoplyuyut 622824 spoluk v tomu chisli 24 tisyachi prirodnih produktiv Cya informaciya bula otrimana vid analizu ponad 34000 publikacij iz ponad dvanadcyati zhirnaliv likarskoyi himiyi Ohoplennya ChEMBL dostupnimi danimi biologichnih aktivnostej staye najpovnishoyu iz koli nebud bachenih publichnih baz danih 2 U zhovtni 2010 roku bula zapushena vosma versiya baz danih ChEMBL ChEMBL 08 yaka mistila 2 97 miljoni vimiryuvan biotestuvan yaki ohoplyuyut 636 269 spoluk 6 U ChEMBL 10 bulo dodano pidtverdzhuyuchi analizi PubChem dlya togo shob integruvati dani porivnyuyuchi z tipom i klasom danih sho mistyatsya v danih ChEMBL 7 Dostup do ChEMBLdb mozhna otrimati cherez vebinterfejs abo zavantazhiti po FTP Vin vidformatovanij takim chinom shob piddatisya komp yuterizovanij obrobci danih i namagayetsya standartizuvati robotu mizh riznimi vidannyami shob vikonati porivnyalnij analiz 1 Do bazi danih ChEMBL takozh integrovani inshi masshtabni himichni resursi u tomu chisli PubChem i sistema ChemSpider vid Korolivskogo himichnogo tovaristva Sporidneni resursi red Na dodatok do bazi danih grupa ChEMBL rozrobili takozh instrumenti ta resursi dlya poshuku danih 8 Ce takozh vklyuchaye Kinaza SARfari integrovanij hemogenetichnij robochij instrument specializovanij na kinazah Sistema vklyuchaye i poyednuye poslidovnist strukturu rechovini ta vidbir danih GPCR SARfari podibnij robochij instrument specializovanij na receptorah gpcr i ChEMBL NTD bazi danih ChEMBL Neglected Tropical Diseases Zabuti tropichni hvorobi ce vidkritij repozitarij pervinnogo skriningu ta danih medichnoyi himiyi oriyentovanih na endemichni tropichni hvorobi v regionah Afriki Aziyi Pivnichnoyi ta Pivdennoyi Ameriki Osnovna meta danih ChEMBL NTD ye nadannya vilnogo dostupu i postijnij arhiv ta centr rozpovsyudzhennya danih yaki zberigayutsya 2 U lipni 2012 roku vidbulasya prezentaciya novoyi sluzhbi danih z malyariyi zavdyaki sponsorskij dopomozi vid proektu Medicines for Malaria Venture MMV Arhivovano 3 zhovtnya 2020 u Wayback Machine priznachena dlya doslidnikiv po vsomu svitu Dani ciyeyi sluzhbi vklyuchayut rechovini z naboru Malaria Box a takozh inshih pozhertvuvanih danih po malyariyi yaki mistyatsya v bazi danih ChEMBL NTD myChEMBL Arhivovano 10 chervnya 2015 u Wayback Machine ce virtualna mashina bazi danih ChEMBL cej resurs bulo predstavleno u zhovtni 2013 roku shob nadati koristuvacham dostup do povnoyi ta bezkoshtovnoyi prostoyi v ustanovci infrastrukturi hemoinformatiki V grudni 2013 roku operaciyi bazi patentnoyi informatiki SureChem buli peredani EMBL EBI Paket danih SureChem buli perejmenovani na SureChEMBL U 2014 bulo vvedeno novij resursu ADME SARfari instrument dlya prognozuvannya ta porivnyannya mizhvidovih cilej ADME 9 Div takozh red Bazi Danih ChEMBL shvidka mandrivka po EBI Train OnLine Arhivovano 21 sichnya 2018 u Wayback Machine ChEBI DrugBankPosilannya red a b Gaulton A 2011 ChEMBL a large scale bioactivity database for drug discovery Nucleic Acids Research 40 D1100 7 PMC 3245175 PMID 21948594 doi 10 1093 nar gkr777 a b v Bender A 2010 Databases Compound bioactivities go public Nature Chemical Biology 6 309 doi 10 1038 nchembio 354 Arhiv originalu za 30 chervnya 2011 Procitovano 15 listopada 2010 Overington J April 2009 ChEMBL An interview with John Overington team leader chemogenomics at the European Bioinformatics Institute Outstation of the European Molecular Biology Laboratory EMBL EBI Interview by Wendy A Warr J Comput Aided Mol Des 23 4 195 8 Bibcode 2009JCAMD 23 195W PMID 19194660 doi 10 1007 s10822 009 9260 9 Mok N Yi Brenk Ruth Oct 24 2011 Mining the ChEMBL Database An Efficient Chemoinformatics Workflow for Assembling an Ion Channel Focused Screening Library J Chem Inf Model 51 10 2449 2454 doi 10 1021 ci200260t Brenk R Schinpani A James D Krasowski A Mar 2008 Lessons learnt from assembling screening libraries for drug discovery for neglected diseases ChemMedChem 3 3 435 44 doi 10 1002 cmdc 200700139 ChEMBL og 15 listopada 2010 ChEMBL 08 Released Arhiv originalu za 8 lipnya 2011 Procitovano 15 listopada 2010 ChEMBL og 6 June 2011 ChEMBL 10 Released Arhiv originalu za 13 serpnya 2011 Procitovano 9 chervnya 2011 Bellis L J 2011 Collation and data mining of literature bioactivity data for drug discovery Biochemical Society Transactions 39 1365 1370 PMID 21936816 doi 10 1042 BST0391365 Arhiv originalu za 18 zhovtnya 2019 Procitovano 24 veresnya 2011 Davies M ADME SARfari Comparative Genomics of Drug Metabolising Systems Bioinformatics doi 10 1093 bioinformatics btv010 Procitovano 8 sichnya 2015 Otrimano z https uk wikipedia org w index php title ChEMBL amp oldid 35379211